石斑魚(yú)虹彩病毒編碼的miRNA研究取得進(jìn)展
中科院海洋生物資源可持續(xù)利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（依托于南海海洋研究所）秦啟偉研究員領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)，在海洋病毒編碼的miRNA研究方面取得突破性進(jìn)展。團(tuán)隊(duì)成員閆陽(yáng)博士等首次鑒定并驗(yàn)證了一種新的海洋病毒——石斑魚(yú)虹彩病毒能夠編碼功能性miRNA。研究成果已于近日發(fā)表在國(guó)際知名的綜合類(lèi)學(xué)術(shù)期刊《公共科學(xué)圖書(shū)館—綜合》（Yan ,et al. 2011. Identification of a Novel Marine Fish Virus, Singapore Grouper Iridovirus-Encoded MicroRNAs Expressed in Grouper Cells by Solexa Sequencing. PloS ONE. 2011. 6(4): e19148）。
虹彩病毒（iridovirus）是一類(lèi)廣泛感染無(wú)脊椎和低等水生脊椎動(dòng)物的大分子DNA病毒，對(duì)海洋野生動(dòng)物種群和海水養(yǎng)殖動(dòng)物造成極大威脅。石斑魚(yú)虹彩病毒（Singapore grouper iridovirus, SGIV）是該團(tuán)隊(duì)從海水養(yǎng)殖石斑魚(yú)體中分離出的一種新的高致病性虹彩病毒，是中國(guó)和東南亞海水養(yǎng)殖魚(yú)類(lèi)最重要的病毒性病原之一。然而，目前對(duì)SGIV感染致病的分子機(jī)理尚不十分清楚，缺乏有效的防治手段。
病毒編碼的miRNA研究方興未艾，因其長(zhǎng)度較短、沒(méi)有免疫原性等特點(diǎn)而成為治療疾病的新型靶點(diǎn)。團(tuán)隊(duì)為揭示SGIV在其感染過(guò)程中是否編碼miRNA，將感染了SGIV不同時(shí)期的石斑魚(yú)胚胎細(xì)胞混合后構(gòu)建小RNA庫(kù)，進(jìn)行Illumina/Solexa RNA深度測(cè)序。通過(guò)一系列生物信息學(xué)分析，最終確定16條SGIV編碼的miRNA序列，其中一條與2型單純皰疹病毒編碼的miR-H4-5p具有高度同源性，提示miRNA在遠(yuǎn)緣病毒種中具有一定的保守性。這16個(gè)新發(fā)現(xiàn)的miRNA散在分布于SGIV基因組中，其中三個(gè)定位于ORF057L。同時(shí)發(fā)現(xiàn)SGIV編碼的miRNA在其3' 端或5' 端存在序列或長(zhǎng)度的異質(zhì)性，可能會(huì)影響其與靶基因的識(shí)別。熒光定量PCR及熒光素酶報(bào)告基因分析了這16個(gè)miRNA的表達(dá)水平和潛在的生物學(xué)活性，證實(shí)其中11個(gè)miRNA確實(shí)存在于SGIV感染的石斑魚(yú)胚胎細(xì)胞中，并發(fā)揮生物學(xué)功能。
以前只有人類(lèi)和哺乳動(dòng)物編碼miRNA的研究報(bào)道，其中報(bào)道較多的為皰疹病毒科的各成員。該研究首次在國(guó)際上證實(shí)了海洋病毒也可以編碼功能性miRNA，將miRNA研究推向了一個(gè)新的層次。
該項(xiàng)研究受到國(guó)家杰出青年基金、國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究計(jì)劃（“973”計(jì)劃）和中科院知識(shí)創(chuàng)新工程重要方向項(xiàng)目資助。 |
