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生物知識(shí)

PCR技術(shù)應(yīng)用七:地中海貧血

作者:admin 來源:本站 發(fā)布時(shí)間: 2011-01-05 11:06  瀏覽次數(shù):
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地中海貧血是由組成珠蛋白的X珠蛋白鏈和B珠蛋白鏈基因突變的引起,它包括X 地中海貧血和B地中海貧血,世界疾病在我國(guó)南方各省區(qū)的發(fā)病率相當(dāng)高,個(gè)別地區(qū) 可達(dá)18%,它的嚴(yán)重的影響人口的質(zhì)量.

一、地中海貧血的臨床

  (一)X地中海貧血的臨床:X地中海貧血在臨床上可分為四 種類型①HbBarst胎兒水腫綜合征②HbH病③輕型(標(biāo)記型)X地中貧血及④靜止型地中 海貧血.(二)B地貧在臨床上亦分為四型①重型B地中海貧血,②輕型B地中海貧血③中 間型地中海貧血及④遺傳性胎兒Hb持續(xù)存在癥.其中第④類型較為常見.

二、地中海貧血的遺傳學(xué)

  (一)α地中海貧血:α地中海貧血的發(fā)生是由于α珠蛋 白鏈基因突變的結(jié)果,α珠蛋白是基因定位于16P16-4er),每條染色體上均有兩個(gè)α 珠蛋白基因,該基因其長(zhǎng)30Kb其中包括有兩個(gè)假基因和一個(gè)胚胎性Hb鏈基因,每個(gè)α 基因含有兩個(gè)內(nèi)含子和3個(gè)外顯子總長(zhǎng)約0.5Kb.(二)β地中海貧血:β地中海貧血由β 珠蛋白鏈基因突變所引起,該基因定位于11P15.5,總長(zhǎng)度約70Kb,其中有許多胚胎性基因及假基因,而β珠蛋白基因有兩個(gè)內(nèi)含子和3個(gè)外顯子,總長(zhǎng)約為1.126Kb.

三、α和β珠蛋白基因的突變類型

  (一)α-基因的突變:在α-基因的突變中,以 缺失型突變最為常見,其缺失的范圍可從兩個(gè)α-基因均缺失至一些小片段的缺失均 可在人群中檢出,α-基因的另一突變即為單堿基置換,目前已發(fā)現(xiàn)的突變有18種以 上,它包括錯(cuò)義突變,無意突變剪接部位突變及起始信號(hào)突變.(二)β-基因的突變: β-基因的突變以點(diǎn)突變?yōu)橹鳎磫魏塑账嶂脫Q是β-基因的主要突變類型,它亦有堿基的括入和缺失,在我國(guó)檢出的β-基因點(diǎn)突變見下表:

位置
性質(zhì)
對(duì)基因功能影響
類型
啟動(dòng)子區(qū)(TATA)    
 
-32 CA  
 
-30 TC mRNA轉(zhuǎn)錄效率下降
 
-29 AG β鏈合成減少
β+
-28 AG  
 
RNA剪接基因突變    
 
IVS-1n1 GT  
 
IVS-1n5 GC mRNA合成異常
β+
IVS-13 TG  
 
IVS-2n654 CT  
 
誤義突變    
 
CD26 GA  
無意突變    
 
CDn AT β鏈合成短
β
CD43 GT  
 
突變    
 
缺失: CD8—AA  
 
  CD31—C  
 
  CD41/42-TCTT  
 
括入 40±43-AAAC  
 
  CD14/15G  
  
  CD27/28C  
 
  CD71/72T,+A  
 
起始裂解     
 
  ATGAGG  
 

四、PCR技術(shù)在α地貧基因診斷中的應(yīng)用

  α地貧是由α珠蛋白基因不同范圍的缺 失及點(diǎn)突變所致,但以缺失型突變最為常見,因此,α地貧PCR診斷的主要任務(wù)就在于快速檢出α珠蛋白基因的缺失片段.

(一)α基因全部缺失(--1--)的PCR診斷

  α基因全部缺失所引起的臨床表現(xiàn)為HbBar+胎兒水腫綜合征,用PCR方法檢測(cè)等,其反應(yīng)體系組成如下:

  引物:

  PC01;5'TACTGTAGATACCCGTGTACAA3'

  PC02;5'ATCARGGAAACATAGTAAT3'

  PC03;5'ACACAACTGTGTTACCTAGC3'

  PC04;5'CAACTTCATCCACGTTCACC3'

  擴(kuò)增片段:αPC01-PC02;136;-

  βPC03-PC04;110;110

  擴(kuò)增條件:93℃(30'');45℃(30'');65℃

  檢測(cè):3%珠脂糖電泳

  注):PCO3和PCO4擴(kuò)增片段位于β基因,作為內(nèi)對(duì)照.

  結(jié)果判定:在正常人PCO1-PCO2擴(kuò)增片段為B6bp,PCO3-PCO4為110bp,而HbBart胎兒水腫綜合征僅有PC)3-PCO4的110擴(kuò)增片段而無PCO1和PCO2的136bp擴(kuò)增產(chǎn)物.

(二)部分α基因缺失型的PCR檢測(cè)

  除HbBart胎兒水腫外,在α地貧中,尚有部分α基因缺失的類型,它仍是α地貧2,α地貧HbH病,應(yīng)用PCO1和PCO2時(shí)正常和缺失染色體均有擴(kuò)增,因此對(duì)2,2,HbH及正常個(gè)體不能鑒別,因此又有人設(shè)計(jì)了一組新的引物體系進(jìn)行α基因缺失的檢測(cè),該本系的組成及操作過程如下

引物名稱
序列位置
 
S1
F5'GTGTTCTCAGTAT
TGGAGGGAA3'
4 S1 3'
S2
F5'GACACGCTTCCA
ATACGCTTA3'
α3'HVR 5'
S3
R5'CTACTGCAGCCT
TGAACTCC3'
4α2 5'
α1
F5'CGGGCCTGGGCC
CTCGGCCC3'
 
 
R5'CCACGGGGGTAC
GGGTGCAG3'
二者的3'
α2
F5'CGGCTGCGGGCC
TGGGCCGC3'
 
 
R5'ATTCCGGGACA
GAGAGAACC3'
 

五、PCR技術(shù)在β地貧基因診斷中的應(yīng)用

  β地貧的基因突變主要是單堿置換.目前在世界范圍內(nèi)發(fā)現(xiàn)的單堿基置換達(dá)160余種,其中在中國(guó)發(fā)現(xiàn)的有21種,由于β珠蛋白基因的突變主要為單堿基堿置換,因此其診斷途徑與β地貧完全不同,其診斷的主要目的即檢出點(diǎn)突變.

(一)檢測(cè)已知突變位點(diǎn)

  1.PCR-ASD與ROB

  PCR-ASO是快速簡(jiǎn)便的檢測(cè)已知β珠蛋白基因點(diǎn)突變的方法,主是利用PCR技術(shù)擴(kuò)增靶基因的適當(dāng)片段,然后用人工合成的含突變位點(diǎn)的標(biāo)記寡核苷酸探針,逐一篩查,泛檢測(cè)的反應(yīng)體系包括.

  引物:見下表

引物名稱
位置
序列
擴(kuò)增片段大
bp
βA
-129--104 A5'GTACGGCTGTCATC
ACTTAGACCTCA3'
AB600
βB
編碼97-89 B5'TGCAGCTTGTCACA
GTGCAGCTCACT3'
CD422
βC
EVS-2475-476 C5'GTGTACACATATTG
ACCAAA3'
AD1502
βD
編碼114108 D5'AGCACACAGACCA
GCACGTT3'
41

  點(diǎn)膜與雜交:PCR-ASO是將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物點(diǎn)于雜交膜上,然后與上述的ASO探針雜交,根據(jù)雜交的結(jié)果判斷分析,以確定突變位點(diǎn)RDB以改傳統(tǒng)的雜交途徑,它是將一系列的標(biāo)記ASO探針固定在膜上,然后用之與PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行雜交,使檢測(cè)程序大大簡(jiǎn)化.

  張是增等人根據(jù)我國(guó)常見的β基因突變情況,將185突變分為兩組,一組為常見的,另一組為非常見,與這些突變相對(duì)應(yīng)的ASO探針反分為兩組,將這些探針固定于膜上,再與相反的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行雜交,常用的7ASO探針可檢出98%的中國(guó)人β基因點(diǎn)突變同RDB方法簡(jiǎn)便,快速,使用非同項(xiàng)素標(biāo)記的ASO探針使之節(jié)約于推廣,而是探針膜條便于保存和運(yùn)選.

  2.等位特異PCR(ASAPCR)

  ASAPCR是檢測(cè)已知β基因突變優(yōu)點(diǎn)進(jìn)行β地貧基因診斷又一有效手段,有人用該方法檢測(cè)Cordows41-42TVSnt654CD17TATA-28CD71-72,這五種我國(guó)南方常見的β基因點(diǎn)突變?cè)\斷β地貧,完成的用于產(chǎn)前診斷.

  3.PCR-RFLP檢測(cè)引起內(nèi)切酶切點(diǎn)改變的突變?cè)\斷β地貧.

突變位置
內(nèi)切酶
切點(diǎn)影響
β
Mnl
丟失
CD17
Mae
生成
-29
NIa
生成
CD43
Hinf
消失
TVS-1nt1
BsPM
消失
CD41-42
HinFZ
酶解產(chǎn)物變化

(二)突變性質(zhì)不明β地貧的診斷

  在β地貧中,尚有一部分人群的基因突變性質(zhì)不明,但臨床表現(xiàn)為β地貧則可用PCR-SSCP、PCR-DGGE、PCR-TGGG進(jìn)行突變片段篩查,然后對(duì)異常的片段進(jìn)行快速測(cè)定,以確定突變位置性質(zhì)及β地貧的關(guān)系.

 

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