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生物知識

土壤DNA提取試劑盒的比較

作者:admin 來源:本站 發布時間: 2014-09-17 21:35  瀏覽次數:
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土壤DNA提取試劑盒  網址鏈接http://www.mobfastly.com/a/gb2312/yiqi/MP%20Bio/2012/0802/4857.html

 

  
Mpbio公司的FastDNA® Spin Kit for Soil是全世界公認的土壤基因組DNA提取的“黃金品牌”,可高效裂解土壤中的所有生物包括G+ 細菌、酵母菌、真菌、藻類、線蟲甚至真細菌的孢子、芽孢,從而獲得高產的基因組DNA。另外它已成功應用于其他環境樣品中的DNA提取,如海洋沉積物、排泄物、廢水、雪水等。您只需用500mg的樣品開始實驗,在30min-60min內即可得到足夠的純化DNA用于PCR、限制性酶切、電泳及其他下游實驗。
²         應用廣泛適用于不同類型土壤(如粘土、沃土、陶土、沙質土)及其他環境樣品(如海洋沉積物、
廢水、雪水、排泄物)中基因組DNA的提取;
²         不受腐殖質干擾:同樣適用于含高腐殖酸的土壤,只需配制簡單的硫氰酸胍,稍改protocol,即可
得高產高純目的基因組DNA;
²         靈活應用、快速高效:可配合FastPrep®儀器使用,40s裂解細胞,30min完成基因組DNA提取;亦
可配合漩渦混勻器或震蕩儀使用,60min內即可獲得足夠量的基因組DNA;
²         純度高:基于硅吸附DNA原理的GENECLEAN®純化柱,保證基因組DNA的高純度,并直接用于PCR擴增、
電泳、酶切及其他下游實驗;
² 無毒無害:不含有毒有害的試劑成分。
如果您第一次開始土壤微生物多樣性研究,請用FastDNA® Spin Kit for Soil,幾千篇文獻的技術支持,絕不讓您失望;
如果您為樣品珍貴且樣品中基因組量而煩惱,請用FastDNA® Spin Kit for Soil高效、高重復性是對您的信任的最佳回報;
如果您是Epicentre試劑盒的使用者,請用FastDNA® Spin Kit for Soil,無論多臟、多復雜的土壤,都能完美應付;
如果您是Mo Bio試劑盒的使用者,請用FastDNA® Spin Kit for Soil,您會發現沒有最好,只有更好
那讓我們來看看Mpbio的FastDNA® Spin Kit for Soil好在哪里?
Mpbio 與Mo Bio土壤基因組DNA提取試劑盒產品比較
產品描述
FASTDNA® SPIN KIT FOR SOIL(品牌:Mpbio,Cat#:6560200,以下簡寫FastDNA®
UltraClean® Soil DNA Isolation Kit (品牌:Mo Bio,Cat#:12800,以下簡寫UltraClean®
 
 
試劑盒的工作原理
Response 1兩個試劑盒都是由兩部分組成,一部分是樣品處理階段,重在細胞裂解效果;第二部分就是DNA純化,重在純化和回收效率。試劑盒內的組成成分目的和功能差不多相同,但在處理效果上會差異。
Lysing Matrix E tube (含裂解基質裂解細胞)
Sodium Phosphate Buffer,MT Buffer(防核酸降解,溶解核酸和蛋白。確保DNA盡量免受RNA污染)
PPS Solution(蛋白沉淀溶液,去除蛋白污染)
Binding Matrix (DNA結合溶液,促進DNA與硅膠結合)
SPIN Modules,Catch Tubes 基于硅石的Geneclean離心純化柱,確保DNA的快速洗脫、高純度)
Concentrated SEWS-M(溶解和清洗DNA)
DES (無DNase、熱原質水,確保DNA無降解及無外來熱原質污染)
BBS Gel Loading Dye(基因組DNA上樣緩沖液)
Bead Solution Tubes含裂解基質裂解細胞)
Solution S1(含SDS,輔助分解膜上的脂肪酸和脂質)
IRS Solution(用于沉淀腐植酸和其他PCR抑制因子)
Solution S2(含蛋白沉淀試劑,去除蛋白污染)
Solution S3(DNA結合鹽溶液)
Solution S4(清洗DNA,除鹽、腐植酸或其他殘留污物)
Solution S5(溶解DNA并促離心洗脫)
Spin Filter Units in 2 ml Tubes,2 ml Collection Tubes
(基于硅膜的離心純化柱)
 
可處理樣本?
Response 2兩個試劑盒的應用范圍都很廣,可用于各種土樣或糞便中的基因組DNA提取。但FastDNA®相對更廣,它已經成功應用于海底沉積物、廢水、雪水等環境樣品中基因組DNA的提取。
可見參考文獻:
Sediment —Tracy J. Mincer et al. (2005). Appl. Envir. Microbiol., Vol 71: 7019 - 7028.
細胞裂解方式及配合使用儀器?
Response 3兩個試劑盒裂解細胞的方式有所差異,這很大程度影響了基因組DNA提取量及片段的完整性。
(1)裂解介質是含3種尺寸的顆粒:1.4 mm陶瓷,0.1 mm的硅顆粒,4 mm的玻璃珠混合物,可控的基質顆粒尺寸和數量,保證實驗的可重復性;且不同尺寸保證樣品的充分接觸及受力;
(2)配合FastPrep instrument(Mpbio專有儀器)使用,“8字型”運動方式使得樣品40 s內即可得到充分裂解;更換適配器,可同時處理1—96個樣品。
(3)配合漩渦混勻器或震蕩儀,借助于振動和渦旋式沖擊的混合力裂解細胞,一般作用2~5 min可充分裂解;可同時處理多個樣品。處理方式相對FastPrep儀器溫和,DNA的完整性相對高些。
UltraClean®
(1)裂解基質是單一玻璃珠;
(2)配合漩渦混勻器使用,借助于渦旋式沖擊和振動裂解細胞,處理方式相對溫和。更換特定的適配器,可同時處理1-96個樣品。樣品一般要處理10min左右,相對輕柔的作用力,可得到較大分子量的DNA,但裂解效果相對差于FastDNA®
 
DNA提取含量及完整性
Response 4 FastDNA®提取的基因組DNA效率高于UltraClean®,一般同一樣品濃度高3-5倍左右;
參考文獻:fecal specimens — Merlin W Ariefdjohan et al. (2010).Nutrition Journal., Vol 9: 23
Sediment — Gordon Webster et al. (2003). Journal of Microbiological Methods 55:155-164.
          FastDNA®配合FastPrep儀器使用DNA的完整性會相對差于UltraClean®。前者的DNA片段為4-20kb,后者的DNA片段最高達50kb。若不與FastPrep儀器配合使用,DNA的完整性會明顯得到提高,DNA提取率仍高于UltraClean®
是否適合高腐殖質樣品的處理?
Response 5兩個試劑盒都有針對高腐殖土樣的特殊處理試劑,從而確保基因組DNA提取不受困擾。(因為腐殖質是土樣中普遍存在的成分,也是干擾DNA和RNA提起的重要因素之一)。
FastDNA®針對高腐殖質的土樣會提供一個特殊的protocol。只需多配制5.5M硫氰酸胍溶液即可保證DNA的高提取效率。
UltraClean®含有IRS Solution(Mobio技術)用來沉淀腐殖酸和一些PCR干擾因子。
 
Qustion 6
DNA的純化方式和純度如何?
Response 6兩個試劑盒的純化機制比較類似,都是基于硅膜的離心純化柱純化方式,此純化方式可以有效去除部分腐植酸、鹽和一些殘留污染物,得到的DNA都有較高的純度。
樣品起始量及整個工作時間?
FastDNA®一般只需500mg的樣品即可達到需要的DNA;
Response 7
UltraClean®樣品的起始量為0.25-1.0 gram;
整個提取過程30 min
 

FastDNA® Spin Kit for Soil  網址鏈接http://www.mobfastly.com/a/gb2312/yiqi/MP%20Bio/2012/0802/4857.html

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